La création du réseau Natura 2000
Dans l’article 3 de la directive « Habitats », il est prévu notamment de constituer un « réseau écologique européen cohérent de zones spéciales de conservation, dénommé Natura 2000 […]. [Ce] réseau Natura 2000 comprend également les zones de protection spéciales classées par les états membres en vertu des dispositions de la directive 79/409/CEE [directive dite « Oiseaux »]. »

« Chaque état membre contribue à la constitution du réseau Natura 2000 en fonction de la représentation, sur son territoire, des types d’habitats » listés dans les annexes I et II de cette même directive.

Mise en place du réseau
Le processus de désignation de sites comme zones spéciales de conservation (ZSC) se fait en plusieurs étapes principales :

Présélection des sites : certains habitats ou espèces sont reconnus comme menacés ou sensibles au niveau de l’UE, selon des critères spécifiés dans l’annexe III de la directive « habitats ». Chaque état membre effectue une évaluation scientifique à l’échelle de son propre territoire de chaque habitat ou espèce d’intérêt communautaire. Les critères de présélection sont communs pour tous les états membres : qualité écologique des habitats, taille ou densité de la population de l’espèce en question. Sur cette base, chaque état membre va établir une liste nationale répertoriant les sites les plus importants et les proposer à l’approbation de la Commission Européenne. Ces sites sont dénommés « proposition de sites d’importance communautaire (pSIC) ».

Choix des sites d’intérêt communautaire : il s’agit alors pour la commission d’identifier, en accord avec les états membres, à partir des listes proposées, une liste de sites d’importance communautaire (SIC) qui détermine les sites qui abritent des types d’habitat naturel ou des espèces prioritaires. Ces SIC formeront alors le réseau Natura 2000. L’évaluation de chaque site se fait, notamment, au regard de sa superficie totale, de la coexistence des divers types d’habitats ou d’espèces visés et de l’unicité de son caractère pour une région donnée.

Mise en place des ZSC : une fois un site sélectionné comme SIC, les états membres disposent d’un délai de 6 ans au maximum pour le désigner comme zone spéciale de conservation. Au cours de ce délai, les états membres sont chargés de mettre en place les mesures de protection et une gestion efficace de ces sites. Chaque état membre est responsable du choix de la méthode et des mesures à mettre en œuvre : réglementaires, administratives ou contractuelles. Les états membres sont toutefois soumis à une obligation de résultats quant à la conservation et la restauration des habitats concernés.